水仙主要病虫害有大褐斑病、叶枯病、线虫病、曲霉病、青梅病等。褐斑病，主要危害水仙的叶和茎。初染时出现于叶尖，褐色，大片感染时叶和梗均会出现病斑，使叶片扭曲，植株停止生长，导致枯死。发病初期，可用75%百菌清可湿性粉剂600-700倍水溶液，每5-7天喷洒一次，连喷数次可控制病害发展。

    种植前剥去膜质鳞片，将鳞茎放在0.5%福尔马林溶液中，或放在50%多菌灵500倍水溶液中浸泡半小时，可预防此病发生。枯叶病，多发生在水仙叶片上，初发时为褪绿色黄斑，然后呈扇面形扩展，周边有黄绿色晕圈，后期叶片干枯并出现黑色颗粒状物。此病可于栽植前剥去干枯鳞片，用稀高锰酸冲洗2-3次预防。病发初期，可用50%代森锌1500倍水溶液喷洒。线虫病，主要危害水仙的叶片和花茎。初发时，水仙叶片和花茎上会出现黄褐色镶嵌条纹，然后出现水泡状或波涛状隆起，导致叶和茎表皮破裂而呈褐色，直至枯萎。此病可用40-43度的0.5%福尔马林液浸泡鳞茎3-4小时加以预防。如在养护过程中发现植株染病严重，应立即将病株剔除并销毁。